Your comments

Адреса и телефоны контрагентов - это Регистры сведений. В данной версии связки с 1С регистры, к сожалению, импортировать нельзя. Изменения в связке с 1С пока только готовятся к выпуску и находятся на стадии тестирования.
В этом случае необходимо проверять процедуру разбора выгрузки (процедуру, которая назначена на кнопку в режиме "Разбор выгрузки..."), скорее всего она не учитывает, что возможна редакция, а только добавляет новые записи.
Дубли создаются в классе Импорт. Контрагенты или уже в основных классах (Контрагенты)?
Наименования, по которым контролируется уникальность, все разные? Есть ли среди них пустые?
Рекомендации: можно добавить в этот класс (Импорт. Контрагенты) атрибут Код 1С и в настройках сопоставить его с Кодом из Справочника Контрагенты (1С) - контроль уникальности проводить по этому полю (оно должно быть уникальным, и всегда заполнено в отличие от Наименования).
Первый вариант: подобные правила не поддерживаются, в настройках дожно быть сопоставление одного класса КлиК и одного справочника 1С (в настройках добавлен второй справочник, т.е. соспоставление два к одному, а не один к одному).

Второй вариант: в какой момент создаются дубли или появляется ошибка? При попытке разнести записи из пормежуточного класса в основне в режиме "Разбор выгрузки..." или дубли и ошибка еще при создании записей в помежуточном классе "Импорт. Контрагенты"?
Добрый день.
Пришлите, пожалуйста, скриншот настроек, которые сделаны в Конфигураторе в штатном модуле Интеграция с 1С (необходимо, чтобы на сриншоте было видно сопоставление атрибутов и название класса КлиК, в который произвдится выгрузка).

Проверьте, пожалуйста, журнал сканирования на ошибки и приложите его скриншот с развернутыми узлами. Журнал открывается в форме сканировния по кнопке Действия/Журнал.