Если галочка стоит, значит поставщиком является... Наша фирма.

Если при этом старые значения не отображаются, то лучше все так и оставить. Ничего страшного в этом нет. Без навыков программирования T-SQL у вас ничего не выйдет

Что вы имеете в виду под пустыми строками?

Если нужно было на выходе получить вашу базу с доработками сделанными персонально для вас, то нужно было сделать резервную копию существующей базы, восстановить резервную копию в базу с новым именем и новую базу чистить ручками, через SQL.
Лучше бы от мусора все-таки избавиться.

Вам вообще чистая база нужна, или с демо-данными? Какая конфигурация?

Это пароль для SQL сервера вообще. Sa - своего рода администратор сервера, если он "не пускал" значит пароли просто не совпадали

А когда при установке его таки ставили, пробовали зайти зайти Managment Studio с этим паролем через Sa?

Что-то после удаления SQL2008 конечно осталось, но повлиять на работу SQL2012 это никак не может.
Работаем мы с SQL конечно постоянно, но ни разу не было такого, чтобы переустановка не помогла. Каждая установка нового экземпляра SQL это новая практически независимая система.
Последняя моя мысль... Вы при установке SQL пароль от SA ставите?

В таком случае диагностировать причину вашей проблемы удаленно у нас не получится. Мы бы рекомендовали вам просто переустановить SQL сервер

да, получается, что все условия для работы Sa соблюдены...
По поводу не удачной смены пароля. Написано, что либо пользователя Sa нет, либо у вас не достаточно прав на его изменение. 
Вы SQL ставили под тем же пользователем Windows, под которым заходите?