Как видно иерархия вложенности определяется отступами (пробелами в начале строки) и порядковым номером.

Отлично! Такой вариант тоже сойдет (более чем) нельзя конечно будет свернуть компании по "уровням вложенности" как это реализовано в древовидном списке. Но это мелочь. - может ли одна компания в ходить в структуру различных иерархий (холдингов)?

Хорошо, я с радостью опишу видение этого процесса своими глазами, но я только начал осваивать ваш продукт, поэтому все нюансы исопльзования данной информации предусмотреть срзу не смогу.

Итак:

• В окне "реестр контрагентов" добавить вкладку "Холдинг" см. скрин

• Если компания являяется Холдингом или состоит в холдинге, то при переключении на эту вкладку будет отображена древовидная структура ( см. скрин )
• 
  

При выборе любой компании в этом списке, можно быстро переключиться на ее карточку.

Что касается вывода информации в отчет, то:
Как минимум нужно иметь возможность увидеть табличную (графическую было бы здорово) форму отчета где отображена информация согласно рисунку выше. с указанием

• адреса организации,
  
• контактных лиц
  
• организаций с которыми уже взаимодействуем. 

Если Вы мне поможете создать такое в вашей программе, то по мере работы все необходимые поля и прочие возможности, которые упустил в этом описании, я смогу создать сам.