Как сделать копию базы данных КК

Вам вообще чистая база нужна, или с демо-данными? Какая конфигурация?

чистая база со всеми настройками и доработками из уже существующей базы. Версия 7.0. комплексная. В принципе, удалось вручную информацию удалить, но в таблицах sql осталось слишком много пустых строк - это может влиять на работу?

Если нужно было на выходе получить вашу базу с доработками сделанными персонально для вас, то нужно было сделать резервную копию существующей базы, восстановить резервную копию в базу с новым именем и новую базу чистить ручками, через SQL.
Лучше бы от мусора все-таки избавиться.

почистил руками через КК. Как от пустых строк избавиться? Заполнять базу новыми данными уже начали

Что вы имеете в виду под пустыми строками?

ID строк (контакты, контрагенты и т.п.) начинается не с 1, а с сильно больших цифр

Если при этом старые значения не отображаются, то лучше все так и оставить. Ничего страшного в этом нет. Без навыков программирования T-SQL у вас ничего не выйдет